Celali isyanları, Osmanlı toprak düzenini büyük ölçüde değiştirdi. Ağır vergiler yüzünden ya da “Büyük Kaçgun” sırasında yerlerinden olan çiftçilerin toprakları mültezimlerin ya da yerel yöneticilerin eline geçti. Vergiler yüzünden borca giren köylüler, işledikleri toprakları sonunda tefecilere kaptırdılar.
Osmanlı toprak düzeninin belkemiği olan tımar sistemi bozuldu. Büyük nüfus hareketleri ortaya çıktı ve kentlere büyük göçler oldu. Tarımsal üretim geriledi ve kıtlık tarım ürünleri fiyatlarının yükselmesine yol açtı. On binlerce insan yaşamını yitirdi ve pek çok yerleşim yeri yıkıma uğradı.