Türkiye Büyük Millet Meclisi’nin 2008 yılında çıkardığı bir yasayla 2008 yılında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olan İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Mühendislik Fakültesi Hakkâri Üniversitesi çatısında toplanmıştır. Eğitim Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi olmak üzere üç fakültesi; Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Fen Bilimleri Enstitüsü olmak üzere iki enstitüsü vardır.
a) İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve Yüzüncü Yıl Üniversitesi Rektörlüğünden devredilen Eğitim Fakültesi ile 03.07.2011 tarih ve 27983 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2011/2018 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile İlahiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi ve 20.08.2011 tarih ve 28031 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2011/2088 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur.
b) Yüzüncü Yıl Üniversitesi’nden devredilen Çölemerik Meslek Yüksekokulu, Yüksekova Meslek Yüksekokulu ve Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu faaliyetine devam etmektedir.
c) Rektörlüğe bağlı Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sürekli Eğitim Merkezi Müdürlüğü kurulmuştur.
Fakülteler
- Eğitim Fakültesi
- Mühendislik Fakültesi
- İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
- İlahiyat Fakültesi
- Güzel Sanatlar Fakültesi
Enstitüler
- Sosyal Bilimler Enstitüsü
- Fen Bilimleri Enstitüsü
Meslek Yüksekokulları
- Hakkâri Meslek Yüksekokulu
- Hakkâri Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
- Yabancı Diller Yüksekokulu
- Yüksekova Meslek Yüksekokulu
